Ciljevi NVO Autokton su očuvanje i promocija istorije i kulturne baštine kao i unapredjenje prava Albanaca u Crnoj Gori (AuCG). 

Kao autohtoni narod, sa jedinstvenim jezikom i kulturom, AuCG su posebno podložni asimilaciji. Ako se tome dodaju emigracija i nedostaci u zakonodavstvu, obrazovnom sistemu i poštovanju ljudskih i manjinskih prava, postaje evidentno da ​očuvanje identiteta AuCG predstavlja izazov za cijelo društvo.
U cilju zaštite multietničkog karaktera Crne Gore potrebni su dodatni napori svih relevantnih faktora u drzavi i nasa je misija da te aktivnosti  ​podstičemo i pomažemo. NVO Autokton takođe nastoji da smanji etničku distancu i promoviše interkulturalni dijalog u crnogorskom društvu.